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L’Organisation Ouest Africaine de la Santé a été créée en 1987 quand les Chefs d’État et de Gouvernement de tous les quinze pays de la CEDEAO ont adopté le Protocole portant création de l’Organisation. Ce Protocole, qui a été ratifié par la suite par chaque gouvernement de la sous-région, donne à l’OOAS le statut d’Agence Spécialisée de la CEDEAO et décrit la mission de l’Organisation comme suit :

« L’Organisation Ouest Africaine de la Santé a pour objectif d’offrir le niveau le plus élevé en matière de prestation de soins de santé aux populations de la sous-région sur la base de l’ harmonisation des politiques des États Membres, de la mise en commun des ressources et de la coopération entre les États Membres et les pays tiers, en vue de trouver collectivement et stratégiquement des solutions aux problèmes de santé de la sous-région. « 

Protocole de 1987 de l’OOAS La force motrice qui sous-tend la création de l’OOAS était l’incongruité des programmes qui étaient mis en ouvre par les deux organisations sanitaires inter-gouvernementales qui existaient dans la sous-région, l’Organisation Francophone de Coordination et de Coopération pour la Lutte Contre les Grandes Endémies (OCCGE) et l’Anglophone West African Health Community (WAHC). L’on s’est dit qu’étant donné que la maladie ne connaît pas de frontières, les organisations pourraient mieux servir les populations d’Afrique de l’Ouest si l’on synchronisait leurs efforts et combinait leurs ressources, évitant ainsi la duplication, réduisant les coûts et renforçant l’efficience. Ainsi, l’OCCGE et la WAHC ont fusionné pour former l’OOAS, une organisation engagée à transcender les frontières linguistiques de la sous-région pour servir tous les quinze États Membres de la CEDEAO.

De 1987 à 1998, un Comité de Mise en Ouvre s’est réuni périodiquement pour élaborer et affiner le contenu et la structure des documents qui pourraient guider l’OOAS dans les premières étapes de son développement organisationnel. Pendant la même période de temps, le Comité a mené la coordination des ressources et les ajustements de personnel rendus nécessaires par la fusion. En octobre 1998, les Chefs d’État et de Gouvernement de la CEDEAO ont établi le siège de l’OOAS à Bobo-Dioulasso, Burkina Faso et nommé un Directeur Général et un Directeur Général Adjoint, permettant à l’organisation de commencer à fonctionner comme autorité sanitaire de premier plan dans la sous-région. Les activités ont débuté en mars 2000 à Bobo-Dioulasso servant les pays membres de la CEDEAO.